Certificatele SSL Let’s Encrypt funcționează doar pentru domenii non-www?

Nu. Certificatele SSL Let’s Encrypt funcționează atât pentru domeniul fără www, cât și pentru varianta cu www. La emitere, ambele forme (domeniultau.ro și www.domeniultau.ro) sunt incluse în certificat, astfel încât site-ul este securizat indiferent de modul în care este accesat.